Mengacu pada visi dan misi sekolah, serta tujuan umum pendidikan menengah, maka tujuan SMP Negeri 2 PAKIS dalam mengembangkan pendidikan ini adalah sebagai berikut:
1.1 Menyelenggarakan berbagai kegiatan keagamaan untuk peningkatan Iman dan Taqwa pada diri siswa
1.2 Menyelenggarakan berbagai kegiatan sosial dan keagamaan yang menjadi bagian dari pendidikan budaya dan karakter bangsa
1.3 Mengembangkan berbagai kegiatan dalam proses belajar di kelas berbasis pendidikan budaya dan karakter bangsa
2.1 Mengembangkan budaya sekolah yang kondusif untuk mencapai tujuan pendidikan menengah (standar pengelolaan)
2.2 Menegakkan ketertiban dan kedisiplinan bagi semua warga sekolah di berbagai kesempatan
3.1 Mewujudkan peningkatan prestasi kelulusan
3.2 Menyiapkan lulusan yang mampu bersaing untuk melanjutkan ke jenjang pendidikan tinggi
3.3 Mengembangkan kemampuan olahraga, kepramukaan, dan seni yang tangguh dan kompetitif
3.4 Mengembangkan kemampuan KIR, lomba olimpiade yang cerdas dan kompetitif
4.1 Mengembangkan kemandirian siswa dalam menggunakan pengetahuan dan organisasi
5.1 Mengembangkan potensi siswa dalam menggunakan pengetahuan dan teknologi
5.2 Mewujudkan fasilitas sekolah yang interaktif, relevan dan berbasis IT
5.3 Mewujudkan lulusan yang mampu di bidang IMTAQ dan IPTEKS
6.1 Mewujudkan lingkungan sekolah yang hijau, asri dan sejuk
6.2 Mengembangkan budaya cinta lingkungan pada semua warga sekolah
7.1 Membudayakan menjaga kebersihan lingkungan dengan membuang sampah pada tempatnya, tidak ada sampah plastik dan pengelompokkan sampah
7.2 Mewujudkan fasilitas sekolah yang mendukung penerapan protokol kesehatan dengan tempat cuci tangan yang memadai
7.3 Menggalakkan program Jumat bersih